Né le 12 juillet 1967, John Petrucci est élevé dans une famille de paysans à Long Island. Bien que ses parents ne jouent pas d'un instrument, sa s½ur aînée joue du piano et de l'orgue, son frère de la basse et sa petite s½ur de la clarinette. Alors que sa s½ur montrait un grand intérêt pour la musique, John se rappelle avoir choisi la guitare parce que tous les garçons du voisinage en avaient une et que « cela semblait cool.... »
John commence les leçons de guitare à douze ans. Il est aujourd'hui mondialement reconnu pour ses qualités de technicien et mélodiste. Il contribue régulièrement à des articles pour le magazine Guitar World et s'est impliqué dans la transcription pédagogique des albums Images And Words et Awake. Il a également réalisé une vidéo pédagogique, Rock Discipline.
Ses influences majeures sont : Steve Morse, Al Di Meola, Alex Lifeson, Tomy, Steve Howe, Allan Holdsworth et Stevie Ray Vaughan.
Il évolue actuellement au sein du groupe de heavy métal progressif Dream Theater. Il fut également le guitariste de Liquid Tension Experiment, accompagné notamment de Jordan Rudess et Mike Portnoy, respectivement claviériste et batteur actuels de Dream Theater. Il a aussi participé au G3 (2001, 2005 et 2007), en compagnie des guitaristes virtuoses Joe Satriani, Steve Vai et Paul Gilbert. Consideré par beaucoup comme le guitariste le plus fin et l'un des plus rapides au monde, John Petrucci est lui-même qualifié de « virtuose ».
Il a composé et enregistré un album solo en 2004, intitulé Suspended Animation, sorti en avril 2005. Sur l'album Awake, John expérimente les guitares à sept cordes, afin de rendre le son de l'album plus lourd. Il passe également beaucoup de temps à écrire sur son séquenceur quatre pistes.
Il a également de nombreux disciples. Parmis eux on retiendra un célèbre guitariste poitevin connu sous le nom du "Lemurien fan de DT", qui dévoue la plupart de son temps libre à l'apprentissage des soli de son dieu personnel.
